第 3 章論文撰寫

3.1 檔案結構

執行以下指令後（詳見 2.1）

ntuthesis::import_template("project_name")

即會匯入論文模板。以下是論文模板的檔案結構（已簡化）：

├── project_name.Rmd     # Useless, please delete it
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├── R/                   # code chunk root dir, put R scripts and data here
├── figs/                # Put figures to include in the thesis here
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├── index.Rmd            # Book Layout (font, watermark, biblio, ...)
├── _acknowledge.Rmd     # acknowledgement
├── _abstract-en.Rmd     # abstract
├── _abstract-zh.Rmd     # Same as above, but in Chinese
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├── 01-intro.Rmd         # Chapter 1 content
├── 02-literature.Rmd    # Chapter 2 content
├── 03-method.Rmd        # Chapter 3 content
├── 80-appx-help.Rmd     # Appendix Content
├── 99-references.Rmd    # Edit "References" Title
├── ref.bib              # References
├── cite-style.csl       # Citation style
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├── _bookdown.yml        # label names in gitbook; Rmd files order
├── _output.yml          # preamble, pandoc args, cite-pkg
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├── watermark.pdf        # 臺大浮水印 (PDF 右上角)
├── _person-info.yml      # Info to generate front matter
├── certification-scan.pdf  # 已簽名'口試委員審查書'
└── front_matter
    └── certification.pdf   # 空白'口試委員審查書'

3.2 `index.Rmd`

index.Rmd 是設定論文內文格式的地方，包含 yaml 以及 R setup code chunk。此模板將 code chunk 預設的 working directory 改成 R/¹，如此較符合一般寫 Rscript 的邏輯²。若要更改此設定，至 setup code chunk 更改 knitr::opts_knit$set(root.dir='R')。

3.3 撰寫語言

若使用英文撰寫論文，需修改 _output.yml、_bookdown.yml 這兩個檔案的內容。

3.3.1 `_output.yml`

將 in_header: latex/preamble-zh.tex 改為 in_header: latex/preamble-en.tex：

bookdown::pdf_book:
  includes:
    in_header: latex/preamble-en.tex

3.3.2 `_bookdown.yml`

_bookdown.yml 中，可以對標籤的名稱進行定義。這裡的設定與 PDF 輸出無關，只與 gitbook 輸出格式有關。因此，若無需使用 gitbook 輸出，可忽略此段。

此外，_bookdown.yml 亦可設定 Rmd 檔在輸出文件中的順序。若無設定，就會依序檔名排序³。

在以下設定中，可使 gitbook 輸出的章節（順序）與 PDF 不同。

rmd_files:
  html: ["index.Rmd", "abstract.Rmd", "intro.Rmd"]
  latex: ["abstract.Rmd", "intro.Rmd"]

3.4 文獻引用

R Markdown 在文章中插入引用文獻的功能承繼 Pandoc。完整的使用見 R Markdown 官方說明。

此模板目前產生文獻格式的方法是依靠 Pandoc citeproc，因此，文獻格式是依據 cite-style.csl⁴ 產生的。使用者可至 Zotero Style Repository 下載所需的 csl 檔並覆蓋專案資料夾中的 cite-style.csl。

3.4.1 `ref.bib`

.bib 檔的產生方式可以由 Endnote, Zotero, JabRef 等書目管理軟體匯出。匯出後，將檔名命名為 ref.bib 放在專案資料夾⁵。

.bib 內的一篇引用資料會類似：

@article{leung2008,
  title = {Multicultural Experience Enhances Creativity: {{The}} When and How.},
  volume = {63},
  issn = {1935-990X(Electronic),0003-066X(Print)},
  doi = {10.1037/0003-066X.63.3.169},
  number = {3},
  journaltitle = {American Psychologist},
  date = {2008},
  pages = {169-181},
  keywords = {*Cognition,*Creativity,
    *Culture (Anthropological),
    *Experiences (Events),Multiculturalism},
  author = {Leung, Angela Ka-yee and 
    Maddux, William W. and 
    Galinsky, Adam D. and Chiu, Chi-yue}
}

其中第一行的 leung2008 即為 citation key。透過 @citekey(@leung2008)即可在文獻中插入 citation。匯出論文時，文末會自動產生引用的文獻。

3.4.2 引用語法

citr 是一個方便使用者插入引用文獻的 R 套件，讓使用者能透過 GUI 插入文獻：

圖 3.1: 使用 citr 套件插入引用文獻

當需要更複雜的引用格式，如標示第幾頁，可以修改透過 citr 插入的語法：

Some text [@citekey].
- Some text (Leung, Maddux, Galinsky, & Chiu, 2008).
@citekey Some text
- Leung et al. (2008) Some text
@citekey [p. 20] Some text.
- Leung et al. (2008, p. 20) Some text.
Some text [-@citekey].
- Some text (2008)
Some text [@citekey1; @citekey2].
- Some text (Leung et al., 2008; 黃宣範, 1993).
Prefix & Suffix
- Text [see @citekey1 pp.45; also, @citekey2 ch. 2].
- Text (see Leung et al., 2008, p. 45; also, 黃宣範, 1993 ch. 2).

3.4.3 書目管理軟體

這裡建議使用 Zotero 加上 Better BibTeX 擴充功能。citr 對 Zotero 有額外的支持，且 Zotero 能夠控制 citation key 的格式（例如，last name + year），但其它書目管理軟體如 Endnote 產生的 citation key 難以讀懂且無法更改格式。

3.4.4 多語言文獻引用

透過 csl 排版引用格式，只能支援單一語言。例如，若將英文格式套用到中文文獻，中文文獻就會出現英文的半形逗點和句點。

多語言的引用或許可透過 LaTeX 的引用套件達成，但由於作者本人對 LaTeX 不夠熟悉，目前尚未解決此問題。若您是 LaTeX 的高手，歡迎至附錄 A 給我一些指教。

參考資料

Leung, A. K.-y., Maddux, W. W., Galinsky, A. D., & Chiu, C.-y. (2008). Multicultural experience enhances creativity: The when and how. American Psychologist, 63(3), 169–181. https://doi.org/10.1037/0003-066X.63.3.169

黃宣範. (1993). 語言、社會與族群意識: 臺灣語言社會學的研究. 臺北市: 文鶴. Retrieved from http://tulips.ntu.edu.tw:1081/record=b1285025*cht

預設是 Rmd 檔所在的位置。↩︎
例如，使用相對路徑匯入資料時，一般會以 Rscript 所在的位置作為基準。↩︎
此模板即未進行設定，因此第一章的內容寫在 01-xxx.Rmd 就會自動排在第一。而若檔名以底線開頭（_）則會被忽略。更多內容詳見 bookdown。↩︎
此模板提供的 cite-style.csl 是 APA 英文第六版。此外，http://blog.pulipuli.info/2011/05/zoteroapa.html 亦有提供 APA 中文版的引用格式。需注意的是 Pandoc 不支援雙語 csl (http://blog.pulipuli.info/2014/08/zoteroapa-zotero-citation-style-apa.html)。↩︎
或是可以自訂檔名，並到 index.Rmd yaml 中的 bibliography: ref.bib 更改 ref.bib 檔名。此外，亦可使用多個 .bib 檔：bibliography: [ref1.bib, ref2.bib, ref3.bib]。↩︎

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